Η ταχύτατη αστικοποίηση της πόλης των Ιωαννίνων τις τελευταίες δεκαετίες επέφερε μείωση των φυσικών χώρων ως αποτέλεσμα των αλλαγών στις χρήσεις γης. Οι αλλαγές στις χρήσεις γης επέφεραν επιπτώσεις στη βιοποικιλότητα, στην ποιότητα νερού της λίμνης αλλά και στη λειτουργία του οικοσυστήματος. Τα φυσικά εδάφη (μη αξιοποιημένα εδάφη) παρέχουν το κύριο τμήμα του φυσικού συστήματος υποστήριξης του οικοσυστήματος της λίμνης Παμβώτιδας. Η αυξανόμενη τάση αστικής ανάπτυξης στο λεκανοπέδιο Ιωαννίνων μετασχηματίζει λιβαδικές, παραλίμνιες και αγροτικές εκτάσεις σε χαμηλής πυκνότητας οικισμούς, εμπορικά κέντρα, αθλητικές και τουριστικές εγκαταστάσεις, δίκτυα πεζόδρομων - ποδηλατόδρομων. Η άναρχη εξάπλωση στο λεκανοπέδιο ενθαρρύνεται επίσης από την έλλειψη ρυθμιστικού σχεδίου. Η αλλαγή χρήσης γης θεωρείται ο σημαντικότερος παράγοντας που επηρεάζει τους οικολογικούς πόρους. Τα ενδιαιτήματα της βιοποικιλότητας και οι διάδρομοι μετανάστευσης μειώνονται δραστικά, ενώ οι λειτουργίες του οικοσυστήματος υποβαθμίζονται, διαταράσσονται ή καταστρέφονται. Μία από της σημαντικότερες λειτουργίες της λίμνης Παμβώτιδας με προφανή οφέλη για την τοπική κοινωνία είναι η τροποποίηση πλημμυρικών φαινομένων, που επιτυγχάνεται με μείωση του συνολικού όγκου του νερού αλλά και τον αποσυγχρονισμό της ροής.

Αυτό έγινε περισσότερο εμφανές τις τελευταίες ημέρες που ο νομός επλήγει από ακραία καιρικά φαινόμενα. Στο παρελθόν βέβαια είχαν επαναληφθεί σφοδρές βροχοπτώσεις, αντιμετωπίζονταν όμως από το φυσικό οικοσύστημα. Μαρτυρίες αναφέρουν για την σύνδεση της λίμνης Λαψίστας με την λίμνη Παμβώτιδα και την διέλευση από και προς το Πέραμα με χρήση γεφυρών σε περιόδους βροχόπτωσης.

Σήμερα έχει μειωθεί η υδροχωρητικότητα του λεκανοπεδίου.
Πιο συγκεκριμένα:
• Περιοχές που ανέκαθεν αποτελούσαν πλημμυρικές ρεζέρβες έχουν αλλάξει χρήση και δεν επιτρέπουν την εκτόνωση των υδάτων. Υγρολίβαδα στην περιοχή Κατσικάς και Αμφιθέας έχουν αποκοπεί από το φυσικό οικοσύστημα με την δημιουργία αναχωμάτων και έχουν μετατραπεί σε αστικές και γεωργικές εκτάσεις.
• Με την ανεξέλικτη αποστράγγιση του λεκανοπεδίου στην λίμνη εισρέουν μεγάλες ποσότητες φερτών υλικών και σε συνδυασμό με την χρήση του υπερχειλιστή γίνεται κατακράτηση υλικών εντός της λίμνης. Άμεση συνέπεια έχει την αύξηση του πυθμένα λόγω των φερτών που εναποτίθενται συνεπώς την μείωση του βάθους και της χωρητικότητας της λίμνης
• Επίσης η αποστράγγιση του κάμπου Λαψίστας δεν επιτρέπει την εκτόνωση του νερού σε πλημμυρικές τάσεις. Παλαιότερα ο κάμπος Λαψίστα πλημμύριζε κατά την διάρκεια χειμώνα όπου σε περίοδο έντονων βροχοπτώσεων δέχονταν επιπλέον ποσότητες υδάτων από την λίμνη Παμβώτιδα και εκτονώνονταν το Λεκανοπέδιο.

Τα μέτρα που πρέπει να ληφθούν
είναι:
• Απαραίτητος κρίνεται ο καθαρισμός των καταβοθρών και η προστασία των λεκανών τους απορροής. Κρίσιμες περιβαλλοντικά εκτάσεις που άλλαξαν χρήση από γεωργικό τοπίο και μετατράπηκαν σε επιχειρήσεις.
• Επίσης απαραίτητος κρίνεται η διευθέτηση και συντήρηση των καναλιών αποστράγγισης ώστε να γίνεται απρόσκοπτα η εισροή των υδάτων.
• Η δημιουργία εκολογικού πάρκου στην περιοχή Κατσικάς προβλέπει την κατασκευή λιμνοδεξαμενών με σκοπό την απομάκρυνση φερτών υλικών και την συγκράτηση πλημμυρικών υδάτων.
• Επαναφορά της περιοχής Αμφιθέας στο φυσικό οικοσύστημα και αποδέσμευση μεγάλης έκτασης για υδάτινη χρήση.
• Απομάκρυνση ιλύος από τον πυθμένα της λίμνης και εξυγίανσή του, ώστε να επανέλθει σε φυσιολογικά επίπεδα η υδροχωριτηκότητα.
• Δημιουργία λιμνοδεξαμενής στον κάμπο Λαψίστας με σκοπό τόσο την εκτόνωση της πλημμύρας όσο και την χρήση αρδευτικών αναγκών κατά την θερινή περίοδο.