Η επιστημονική επιτροπή συνεδρίασε την Τετάρτη 31-7-2006 και προέβη σε ανάλυση του φαινομένου της άνθησης του νερού (έκρηξης των φυτοπλαγκτονικών οργανισμών) το οποίο παρατηρήθηκε με ιδιαίτερη ένταση κατά το προηγούμενο χρονικό διάστημα. Η επιστημονική επιτροπή εκτίμησε τόσο τις υπάρχουσες επιστημονικές δημοσιεύσεις όσο και δεδομένα μετρήσεων των τελευταίων χρόνων.
Σύμφωνα με τα δεδομένα αυτά, υπάρχει μια σαφής βελτίωση των φυσικοχημικών χαρακτηριστικών στο νερό της λίμνης. Η βελτίωση όμως αυτή, δεν είναι από μόνη της ικανή να αποτρέψει φαινόμενα επανεμφάνισης μεγάλων ποσοτήτων φυτοπλαγκτονικών οργανισμών και δη κυανοβακτηρίων, με δεδομένα
α) την ύπαρξη μεγάλων ποσοτήτων θρεπτικών αλάτων στα ιζήματα του πυθμένα (κυρίως φωσφόρου) τα οποία ευνοούν την ανάπτυξη των κυανοβακτηρίων και
β) την ακόμη και μέχρι σήμερα συνεχιζόμενη και ανεξέλεγκτη εισροή θρεπτικών κυρίως μέσω αποστραγγιστικών τάφρων.

Συνεπώς η εμφάνιση των συγκεκριμένων ειδών κυανοβακτηρίων μέσα στο νερό της λίμνης, το οποίο ήταν φτωχό σε άζωτο και φώσφορο πριν από την εκδήλωση του φαινομένου πρέπει να αποδοθεί σε αιφνίδια επαναιώρηση του ιζήματος ή σε εισροή ρυπαντικού φορτίου. Πράγματι, η ύπαρξη δυνατών ανέμων λίγες μέρες πριν την εκδήλωση του φαινομένου οδήγησε σε ανάδευση και επαναιώρηση του ιζήματος. Οι ήρεμες κλιματολογικά συνθήκες που ακολούθησαν οδήγησαν σε έντονο πολλαπλασιασμό των κυανοβακτηρίων τα οποία κατανάλωσαν εκ νέου τα διαλυτά θρεπτικά και οδηγήθηκαν τελικά σε μαζικό θάνατο με τις δυσάρεστες επιπτώσεις τουλάχιστον για την αισθητική εικόνα της λίμνης. Όσον αφορά τις βιολογικές συνέπειες, αυτές μελετώνται εκτενώς τα τελευταία χρόνια παγκοσμίως καθώς είναι γνωστό ότι μερικά στελέχη των ειδών που κυριαρχούν σε αυτές τις εκρήξεις παράγουν και τοξίνες. Σήμερα, δύο ερευνητικές ομάδες του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων ασχολούνται εκτεταμένα με όλες τις χημικές και βιολογικές παραμέτρους του προβλήματος εκτιμώντας ότι προς το παρόν δεν εμπνέει ανησυχία.
Η επιστημονική επιτροπή καταλήγει με το συμπέρασμα πως η αποτύπωση και ερμηνεία του φαινομένου, έχει νόημα στο βαθμό που βοηθάει να παρθούν μέτρα στη σωστή κατεύθυνση. Για το λόγο αυτό, η επιτροπή προτείνει δέσμη μέτρων με σκοπό τόσο την ανακούφιση της λίμνης από τις πιέσεις όσο και την οριστική επίλυση του προβλήματος.

1. Προώθηση των μελετών για τη δημιουργία βιολογικών καθαρισμών και σύνδεση όλων των οικισμών του λεκανοπεδίου με αυτούς. (Περιφέρεια, Νομαρχία, Δήμοι).
2. Η εισροή ρυπαντικού φορτίου πρέπει να σταματήσει. Έλεγχος σε όλες τις πτηνοτροφικές, κτηνοτροφικές, βιοτεχνικές και βιομηχανικές μονάδες του λεκανοπεδίου εάν πραγματικά πληρούν τους νόμιμους κανόνες λειτουργίας και περιβαλλοντικής ασφάλειας. Βοήθεια για τον έλεγχο από το ΥΠΕΧΩΔΕ
3. Έλεγχος της ποσότητας των λιπασμάτων και των φυτοφαρμάκων που χρησιμοποιούνται στις καλλιέργειες του λεκανοπεδίου. Από τη Νομαρχία τα στοιχεία των πωλητών φυτοφαρμάκων και λιπασμάτων και καταμέτρηση των λιπασμάτων που διατίθενται στις περιοχές πέριξ της λίμνης
4. Καθαρισμός των αποστραγγιστικών τάφρων, ο οποίος καθαρισμός θα ανακουφίσει τη λίμνη αλλά θα βοηθήσει και τον εντοπισμό και τον έλεγχο των παράνομων συνδέσεων. (Δήμοι, Νομαρχία, ΥΠΕΧΩΔΕ)
5. Μείωση των φερτών υλικών που με την επιφανειακή απορροή οδηγούνται στη λίμνη μειώνοντας το ζωτικό της χώρο και εμπλουτίζοντάς την με θρεπτικά. (Περιφέρεια, Νομαρχία, Δήμοι).
6. Άμεση απομάκρυνση ιλύος από τον πυθμένα.
7. Αποφυγή εμπλουτισμού της Λίμνης με κυπρινοειδή τα οποία αποδεδειγμένα συμβάλουν στο φαινόμενο του ευτροφισμού.
8. Διαμόρφωση Μητροπολιτικού πάρκου στις περιοχές στα όρια των δήμων Παμβώτιδας και Ανατολής με σκοπό να διατηρηθούν κατά το δυνατόν ανέπαφες οι περιοχές αυτές από την ανθρώπινη παρέμβαση
9. Να δοθεί η δυνατότητα φυσικού αυτοκαθαρισμού της λίμνης με την επάνοδο υγρολίβαδων στο σώμα της λίμνης. Για να επιτευχθεί αυτό χρειάζεται τμήση του τεχνητού αναχώματος τόσο στο Δήμο Περάματος όσο και στους Δήμους Ανατολής και Παμβώτιδας.
10. Οι αποστραγγιστικές τάφροι δεν πρέπει να εκβάλλουν άμεσα στη λίμνη μεταφέροντας το ρυπογόνο φορτίο τους. Πρέπει να οδηγηθούν στα υγρολίβαδα τα οποία τώρα έχουν αποκοπεί από τη λίμνη με τα αναχώματα με σκοπό τα θρεπτικά συστατικά που περιέχουν να καθιζάνουν και να υφίστανται επεξεργασία από την υπάρχουσα βλάστηση και από αυτή που θα αναπτυχθεί.
11. Να συνεχιστεί η άντληση νερών από τις πηγές Μιτσικελίου και να διερευνηθεί η δυνατότητα να αποκατασταθεί η λειτουργία και άλλων καταβοθρών στους πρόποδες του βουνού.
12. Να διερευνηθεί η δυνατότητα μεταφοράς νερού από την υδρολογική λεκάνη του Αράχθου με την προυπόθεση ότι θα ελεγχθεί εξονυχιστικά η πιθανότητα αρνητικών επιπτώσεων στα δύο οικοσυστήματα.